情報を追記している場合はありますが、古い情報を訂正はしていませんので、公開年月日を参照してください。プラグイン・タグ、いずれもワードプレス・PHPのバージョン等によって動作しない場合もあります。
初めて、ワードプレスのオリジナルテーマを作ろうとするときには、既存のテーマを参考にするのが普通だろう。
が、3以降のワードプレスにデフォルトで付属しているテーマは初心者には少し難しいように思う。
ループ部分がloop.php になっている
loop.php に条件分岐が多い
という辺り、壁が高い。
最初は、シンプルな構成のテーマでざっくりとテンプレートタグを把握する、どこからどこまでがループかを理解する、ということから始めるのが良いでしょう。ということで、
http://wordpress.org/extend/themes/zbench がお薦めかな。
*2.9 までのデフォルトテーマを参考にするともっと良いかも。ただ、非推奨になっているタグもあるので、構成やループを理解するための参考までに。